江南大学“益生菌理论与技术”实验室针对长寿村（海南澄迈、江苏如皋、广西巴马、湖北钟祥、河南博爱等地）的各年龄段人群、新生儿及婴幼儿（江苏无锡、江苏南京、天津、河南郑州、广东广州等地）、内蒙古和青藏高原多地区的鲜乳（牦牛乳、边牛乳、牛乳）和牧民自制奶制品（奶酪、酸奶、卷肯、曲拉、灵菇等）、发酵蔬菜（川渝地区泡菜、东北酸菜）以及其他发酵食品等广泛开展了样品采集，此外还采集了多地的土壤等样品，共采获1000余份。
针对这些样品进行了微生物多样性调查及微生物资源筛选，已成功筛获乳酸菌三千余株，菌株涵盖了短双歧杆菌、青春双歧杆菌、长双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、两歧双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、植物乳杆菌、唾液乳杆菌、干酪乳杆菌、副干酪乳杆菌、发酵乳杆菌、瑞士乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、嗜热链球菌、乳酸乳球菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌等一大批食品可用的微生物资源。
此外，还筛获一批尚不在食品可用微生物菌种目录但值得后续进一步研究、开发的菌株资源，包括短乳杆菌、布氏乳杆菌、戊糖乳杆菌、消化乳杆菌、食品乳杆菌、清酒乳杆菌、棒状乳杆菌、耐乙醇片球菌、假小链双歧杆菌、假长双歧杆菌、香肠魏斯氏菌、粪肠球菌、屎肠球菌等等。
