江南大学“益生菌理论与技术”实验室围绕益生菌资源挖掘、生理特性和益生功能开展研究，至今已有三十余年的历史。目前已经形成了以益生菌高效筛选、功能评价及产业应用为主线的研究体系。研究团队包括中国工程院院士1名，教授/研究员14名，副教授/副研究员7名，博士后5名。研究团队入选教育部创新团队、科技部重点领域创新团队、国家自然基金委创新群体及江南大学至善创新团队。

研究团队先后主持承担了国家“863”项目、国家科技支撑项目、国家自然科学基金项目及其它国家与省部级科研项目共100余项。发表科研论文600余篇，出版专著9部，获授权国家专利200余项。研究成果获国家与省部级科研成果奖励共20余项，其中“功能性益生乳酸菌高效筛选及应用关键技术”获2009年国家科技进步二等奖；“耐胁迫植物乳杆菌定向选育及发酵关键技术”获2018年国家技术发明二等奖。

研究团队积极推动国际交流与合作，搭建了广泛的科技合作平台。于2015年获英国皇家学会授予牛顿基金，并与英国食品研究所建立英中益生菌联合研究中心；于2016年与英国四方研究所、爱尔兰科克大学APC微生物研究中心、加拿大阿尔伯塔大学合作建立“江南大学益生菌国际联合实验室”；于2016年经科技部批准成立“国家益生菌与肠道健康国际联合研究中心”。

研究团队重视基础科研成果的转化。依托目前国内最大的益生菌专利菌种库，服务国内外企业近30余家，合作开发并落地了20余款产品，取得了良好的社会与经济效益。